Ngân sách của chính quyền Việt Nam Cộng hòa luôn ở trong tình trạng thâm hụt mà nguyên nhân chính là các khoản chi cho quân sự luôn lớn hơn cho chi dân sự và càng ngày càng tăng. Mức thâm hụt đã tăng từ mức trên 50% một chút trong nửa cuối thập niên 1950 lên gần 70% đầu thập niên 1960 và đến 78,9% vào năm 1968.[67] Để bù đắp thâm hụt ngân sách, chính quyền đã nỗ lực cải cách hệ thống thuế nhằm tăng nguồn thu, bán dự trữ ngoại tệ (và kim loại quý) đồng thời phá giá nội tệ nhằm tăng thu từ thuế nhập khẩu và tăng mức thu tính bằng nội tệ từ bán ngoại tệ. Tuy nhiên, các biện pháp khẩn cấp để bù đắp thâm hụt ngân sách đã được áp dụng là vay của Ngân hàng Quốc gia, vay của các ngân hàng thương mại và bán công trái.

Trong cơ cấu chi ngân sách, chi tiêu quân sự luôn chiếm tỷ trọng lớn. Năm thấp nhất, 1959, là 41%. Năm cao nhất, 1968-1969, là 66%. Chi tiêu dân sự có tới 89% là chi trả lương cho đội ngũ công chức và quân nhân trong chính phủ.[68]

Thu ngân sách

Trong cơ cấu thu ngân sách từ nguồn nội địa, thu từ thuế chiếm một tỷ trọng lớn, từ 70% tới 85%. Nhờ cải cách hệ thống thuế, từ năm 1966, số thu từ thuế tăng nhanh, và đặc biệt nhanh trong các năm 1973-1974. Các sắc thuế cho số thu lớn là thuế thu nhập, thuế sản xuất và thuế rượu-bia, thuế thuốc lá.

Thuế lợi tức cá nhân đặt thành ba ngạch ở thời giá năm 1964:[69]

1. Thuế 1% với lợi tức dưới 50.000 đồng/năm;
2. Thuế 2% với lợi tức 50.000 đến 100.000 đồng/năm;
3. Thuế 5% với lợi tức hơn 100.000 đồng/năm.

Thuế được khấu trừ cho những gia đình với con nhỏ dưới 21 tuổi, cha mẹ già hơn 60 tuổi, hay có người trong nhà bị tàn tật. Mỗi năm đến ngày 1 Tháng 4 thì phải khai nộp các khoản lợi tức từ năm trước.[69] Thuế thổ cư thì căn cứ vào diện tích mét vuông hay hecta ruộng. Nhà cửa thì tính theo thời giá.[69]

Các nghề nghiệp cũng phải chịu thuế chỉ trừ nghề giáo viên, làm ruộng và khai thác nguyên liệu. Tổng cộng có 768 nghề phải nộp thuế. Ví dụ như nhà nấu rượu thì phải đóng 3 đồng mỗi 100 lít rượu. Thuế sản xuất nói chung áp dụng đều là 6% giá thành. Cơ sở sản xuất nhỏ (dưới 6 nhân viên, doanh thu dưới 500.000 đồng, hay có tính cách thủ công) thì đều miễn.[69] Ngoài ra còn có một số thuế gián tiếp như thuế xăng nhà phân phối phải nộp 2,5 đồng mỗi lít; thuế giải trí (vé chiếu bóng, cải lương, xiếc, nhạc hội, đua ngựa, phòng trà v.v.) từ 5% đến 20% tổng thu; thuế xe lưu hành (căn cứ trên phân khối cc của máy xe); thuế xay thóc; thuế quý kim và đồ cổ (hơn 50 năm tuổi); thuế nước đá (100 đồng mỗi một tấn); thuế nhà hàng; thuế con tem thị thực; thuế sang nhượng tài sản; thuế công quản (excise, đánh vào người tiêu thụ bia, rượu, thuốc lá, v.v.).[69]

Một nguồn thu khác của chính phủ là Xổ số "Kiến thiết Quốc gia". Mọi phần thu được từ thuế khóa và xổ số đều do chính phủ quốc gia điều hành rồi phân bố xuống các tỉnh, quận, và xã.[69]